科學(xué)家開(kāi)發(fā)一種通過(guò)小規(guī)模測(cè)序檢測(cè)癌癥DNA的新方法

癌癥患者的腫瘤細(xì)胞會(huì)釋放部分DNA片段到血液中，這些來(lái)自腫瘤組織的DNA片段會(huì)攜帶突變。在臨床樣本中發(fā)現(xiàn)罕見(jiàn)的DNA突變，對(duì)于生物醫(yī)學(xué)和診斷學(xué)等領(lǐng)域均有重要的意義。但精確地檢測(cè)低豐度DNA難度大，特別是在尋找癌癥治療后留下的少量腫瘤細(xì)胞方面(稱(chēng)為“微小殘留病”，或MRD，minimal residual disease)，目前的技術(shù)需要通過(guò)大量測(cè)序才能找到。因此，亟需開(kāi)發(fā)新的方法，提高檢測(cè)靈敏度，降低檢測(cè)成本。

近日，美國(guó)麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)的研究團(tuán)隊(duì)在《Nature Biomedical Engineering》雜志上發(fā)表題為“Massively parallel enrichment of low-frequency alleles enables duplex sequencing at low depth”的文章，開(kāi)發(fā)了一種名為“通過(guò)識(shí)別寡核苷酸富集次要等位基因測(cè)序”的新方法MAESTRO（minor allele enriched sequencing through recognition oligonucleotides），能以較小的測(cè)序規(guī)模，準(zhǔn)確、高效地從患者血液樣本中識(shí)別出數(shù)千個(gè)DNA突變，有望以更低的成本協(xié)助檢測(cè)患者體內(nèi)的殘存癌細(xì)胞，及時(shí)開(kāi)展疾病復(fù)發(fā)監(jiān)測(cè)。

該研究中，研究人員首先對(duì)患者的腫瘤活檢進(jìn)行測(cè)序，了解突變的情況。根據(jù)突變信息，針對(duì)性的開(kāi)發(fā)出僅與腫瘤相關(guān)的DNA序列結(jié)合的分子探針，用以富集血液樣本中游離的腫瘤相關(guān)DNA，優(yōu)化測(cè)序樣本，提升從血液樣本中識(shí)別出罕見(jiàn)癌癥突變的能力。

在檢測(cè)數(shù)百個(gè)低豐度突變的測(cè)試中，與傳統(tǒng)測(cè)序方法相比，MAESTRO方法在保證能發(fā)現(xiàn)大多數(shù)突變的同時(shí)，所需的資源更少。同時(shí)，MAESTRO方法還以較低的成本將搜索范圍擴(kuò)大到1萬(wàn)個(gè)突變，極大地提高了檢測(cè)效率。研究團(tuán)隊(duì)利用MAESTRO方法，重新檢測(cè)分析一批傳統(tǒng)方法檢測(cè)過(guò)的患者樣本，從中檢出了更多的突變。MAESTRO方法在單一檢測(cè)方案中結(jié)合了深度和廣度的優(yōu)勢(shì)，使更早檢測(cè)MRD成為可能，甚至可能識(shí)別出血液中來(lái)自癌細(xì)胞的循環(huán)DNA。

論文鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41551-022-00855-9

注：此研究成果摘自《Nature Biomedical Engineering》雜志，文章內(nèi)容并不代表本網(wǎng)站的觀點(diǎn)和立場(chǎng)，僅供參考。

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